第15戦の日本GPは、秋らしい澄んだ空のもとで行われた。
天王山となるこの一戦。フロントロー2番グリッドからスタートしたマルク・マルケス(Repsol Honda Team)は、好スタートを決めてトップで1コーナーに飛び込むものの、2コーナーでホルヘ・ロレンソ(ヤマハ)にかわされ2番手で1周目を終える。その後、3周目で前を走るロレンソを抜きトップに立つと、徐々に後続を離し始めた。
■ロッシ&ロレンソのヤマハ勢が転倒
そんな中、7周目にバレンティーノ・ロッシ(ヤマハ)が転倒し、サーキットにどよめきが起こった。マルケスは、14周目には2番手のロレンソとの差を4秒近くに広げると、独走状態に入る。19周目には、V字コーナーで2番手を走るロレンソが転倒。
■マルケスの日本での王座決定は2年ぶり2度目、日本GP優勝は初
その後、マルケスは着実な走りでゴールラインへとマシンを進め、チェッカーを受けた。この優勝により、マルケスが2016年のライダーズチャンピオンを決めた。マルケスが日本GPで年間チャンピオンを決めたのは2014年に続き2年ぶり2度目だが、日本GPでの優勝は初めてとなる。
また今シーズン、インディペンデントチームの中で4回連続の予選トップタイムを記録したカル・クラッチロー(LCR Honda)は、アレイシ・エスパルガロ(スズキ)とマーベリック・ビニャーレス(スズキ)に先行を許し、1周目を7番手で終えたが、その後に上位陣の転倒もあり5位でチェッカーを受けた。
3戦ぶりに復帰したジャック・ミラー(Estrella Galicia 0,0 Marc VDS)は、予選14番手から決勝に臨んだ。1周目で12番手に順位を上げるものの、その後13番手にポジションを落とし、さらに7周目に転倒リタイアとなった。
ミラーのチームメートのティト・ラバトは18番グリッドからスタート。1周目で20番手にポジションを落とすも、その後着実に周回を重ね、上位陣の転倒などにより、最終的には14位まで順位を上げ、2ポイントを獲得した。
■ダニ・ペドロサの代役・青山博一、ポイント獲得
フリー走行で転倒したダニ・ペドロサ(Repsol Honda Team)に代わって決勝に臨んだ青山博一は、最後列22番グリッドからスタート。1周目で19番手まで順位を上げると、その後は堅実な走りでポジションをキープ。上位陣の転倒などにより、15位でチェッカーを受け、1ポイントを獲得した。